蓬莱阁的主体建筑建于宋朝嘉祐六年（1061年），历代都进行了扩建重修。明万历十七年(1589年)巡抚李戴于其旁增建了一批建筑，清嘉庆二十四年(1819年)知府杨丰昌和总兵刘清和主持进行扩建，使其大具规模，后又得以多次修缮，1982年被列为国家重点文物保护单位。
阁楼高15米，坐北面南，系双层木构造建筑，阁上四周环以明廊，可供游人登临远眺，是不雅观赏“海市蜃楼”奇异景不雅观的最佳处所，每年都能吸引无数的游人。阁中高悬一块金字模匾，上有清代书法家铁保手书的“蓬莱阁”三个苍劲大字，东西两壁挂有名人学者的题诗。位于蓬莱阁下的神仙桥，构造精美，造型奇特，传说为“八仙”过海的地方。
秦始皇访仙救药的历史故事和八仙过海的神话传说，给蓬莱阁抹上了一层神秘的色彩。素有瑶池之称的蓬莱，传说蓬莱、瀛州、方丈是海中的三座神山，为神仙居住的地方，自古便是秦皇汉武求仙访药之处。
广为流传的“八仙过海”的神州传说，便源于此，相传吕洞宾、铁拐李、张果老、汉钟离、曹国舅、何仙姑、蓝采和、韩湘子八位神仙，在蓬莱阁醉酒后，凭借各自的宝器，凌波踏浪、飘洋渡海而去，留下“八仙过海、各显其能”的俏丽传说。
蓬莱是中国古代民间和玄门传说中著名的神仙住所和人间瑶池。传说公元前3世纪，中国的统治者秦始皇听说这里生产一种永生不老的药物，而且还有神仙出没。于是他敕令让一个叫徐福的人，带领着很多童男童女前往探求神药。后来，中国玄门就把该地作为圣地。而历代朝廷也先后在这里建立了不少宫不雅观，蓬莱阁便是个中之一。
蓬莱阁高踞丹崖极顶，其下断崖绝壁，倒挂在碧波之上，偶有海雾飘来，层层裹缠山腰，画栋雕粱，直欲乘风飞去。游人居身阁上，但觉脚下云烟浮动，有天无地，一派空灵。古人诗云：“嵯峨丹阁倚丹崖，俯瞰瀛洲仙子家。万里夜看日赐谷日，一帘晴卷海天霞。”
蓬莱阁下海中，道道礁石赶过水表，如翘如跃，名曰渔梁。时有三五老翁垂钓其上，得鱼掬水而烹，佐酒怡然自得，乐极而歌，此唱彼和，一派恬淡情韵，大似桃花源中天下。古人诗云：“舴艋乘风挂揖轻，虬龙蛰穴浪花平。
古代海军基地蓬莱是古代登州府署所在地，统领着九个县一个州，是当时中国东方的门户。久负盛名的登州古港，是中国古代北方主要的对外贸易口岸和军港，与我国东南沿海的泉州、明州（宁波）和扬州，并称为中国四大通商口岸，并且是我国目前保存得最无缺的古代海军基地。
蓬莱阁下，有一座蓬莱水城。水城沿着丹崖绝壁向南筑起，为我国现存古代海军基地之一，别号备倭城，原为宋代边防水寨“刀鱼寨”旧址。明洪武九年（1376年），依山势构筑城墙，引海水入内，以停泊船舰，操练水师。
蓬莱水城周长约1.8公里，面积25平方公里，全体城池只有南北两门，北门叫水门，门上建有栅闸，以掌握船只出入；南门为振阳门，与陆地相连，供车马行人出入。北门设有两座炮台，分列东西，掌握附近海面。水城进可攻，退可守，实为一严密的海上防护体系，在我国海港建筑史霸占主要地位，具有极高的历史文物代价。
风景名胜蓬莱阁历经风雨沧桑，如今已发展成为以古建筑群为中轴，蓬莱水城和田横山为两翼，四种文化（神仙文化、精武文化、港口文化、海洋文化）为秘闻，山（丹崖山）、海（黄渤二海）、城（蓬莱水城）、阁（蓬莱阁）为格局，登州博物馆、古船博物馆、田横山、合海亭及黄渤海分界坐标等20余处景点为点缀，融自然风光、历史名胜、人文景不雅观、休闲娱乐于一体的风景名胜区和休闲度假胜地。
蓬莱阁景区先后荣膺“全国重点文物保护单位”、“国家重点风景名胜区”、“全国创建文明行业前辈单位”、“全国五一劳动奖状”、“全国旅游行业最佳诚信单位”、“全国首批5A级旅游景区”、“全国文明单位”、“中国驰名牌号”、“山东省质量管理事情前辈单位”、“山东省做事标准化示范单位”等称号，导游科得到“全国青年文明号”和“全国巾帼文昭示范岗”等殊荣。
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